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Thèse

Phylogenomics and comparative genomics in ant-eating mammals

Résumé : Le phénomène de convergence évolutive est un processus fascinant dans lequel des espèces phylogénétiquement éloignées acquièrent indépendamment des caractéristiques similaires en réponse à des pressions de sélection similaires. Les mammifères myrmécophages figurent parmi les exemples les plus célèbres de convergence morphologique. En effet, ce mode de vie particulier a évolué chez cinq lignées distinctes de placentaires : l'oryctérope (Tubulidentata), le protèle (Carnivora), les fourmiliers (Xenarthra), le tatou géant (Cingulata) et les pangolins (Pholidota). Pour mieux comprendre l'évolution de ces organismes, plusieurs approches ont été développées dans cette thèse. Tout d'abord, je présente une stratégie originale pour caractériser le régime alimentaire précis des mammifères myrmécophages en tirant parti des données métagénomiques générées à partir d'échantillons fécaux et d'une base de données mitogénomique de référence sur les termites et les fourmis. Ensuite, avec l'objectif final de détecter la convergence moléculaire à l'échelle génomique chez les mammifères myrmécophages, nous avons généré neuf génomes de mammifères de qualité en utilisant la technologie Oxford Nanopore. Les différentes stratégies développées depuis la mise en place du séquençage MinION jusqu'à l'annotation finale des assemblages sont présentées avec une première étude de cas illustrant l'utilisation de deux de ces génomes de référence pour la délimitation des espèces. Enfin, je présente une analyse de transcriptomique comparative des glandes salivaires et d'autres organes chez les mammifères myrmécophages qui suggère que la contingence historique et le bricolage moléculaire des gènes de chitinase ont joué un rôle majeur dans l'évolution convergente de la myrmécophagie.
Type de document :
Thèse
Liste complète des métadonnées

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03343948
Contributeur : Abes Star :  Contact
Soumis le : mardi 14 septembre 2021 - 14:34:39
Dernière modification le : mercredi 15 septembre 2021 - 03:32:19

Fichier

2021_ALLIO_archivage.pdf
Version validée par le jury (STAR)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03343948, version 1

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Citation

Rémi Allio. Phylogenomics and comparative genomics in ant-eating mammals. Agricultural sciences. Université Montpellier, 2021. English. ⟨NNT : 2021MONTG006⟩. ⟨tel-03343948⟩

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