Caractérisation moléculaire et morphologique des punaises d'intérêt agronomique (genres Eurydema et Lygus)
Résumé
Du fait de la montée en puissance de l’agriculture biologique, et de la politique agricole préconisant de réduire l’usage d’insecticides et autres pesticides, les dégâts occasionnés par les punaises phytophages sont en augmentation depuis une dizaine d’années et peuvent conduire à des pertes importantes de production en cultures légumières sous abri. Dans le même temps, il est apparu que la connaissance sur la caractérisation, la biologie et le comportement en culture de plusieurs espèces de punaises phytophages étaient encore à améliorer pour permettre de mettre au point des stratégies globales de protection. Mon travail s’inscrit dans ce cadre et s’intègre dans une approche de gestion de l’agriculture durable et concerne plus particulièrement la caractérisation des espèces de deux genres de punaises ravageuses de cultures légumières composant les deux parties du mémoire; le genre Eurydema qui est uniquement ravageur de crucifères et connu sous le nom de «punaises des choux», et le genre Lygus, polyphage. Plusieurs approches vont être abordées dans une démarche de taxinomie intégrative pour répondre aux questions d’identification. Pour le genre Eurydema, l’identification morphologique semble satisfaisante mais l’utilisation du «barcoding» code-barres standard avec le fragment du gène COI (658pb) a révélé des complexes d’espèces insoupçonnés notamment Eurydema dominulus (Scopoli, 1763) / Eurydema cyanea (Fieber, 1864), mais aussi de nouveaux clades géographiques chez Eurydema ornata (Linnaeus, 1758), trois espèces sur lesquelles mon travail sera focalisé. L’emploi de plusieurs autres marqueurs moléculaires Cytb, 28S et ITS permet de confirmer les résultats trouvés sur le COI. L’utilisation de l’approche morphométrique géométrique par la méthode Procruste au niveau de ces trois espèces est une technique à approfondir car peu de spécimens ont été testés. La caractérisation morphologique des espèces du genre Lygus est complexe et le «barcoding» se montre insuffisant pour résoudre l’identification. L’ajout de gènes supplémentaires (Cytb, ND5, 28S et ITS) n’apporte pas d’amélioration significative. Seule l’espèce L. rugulipennis se sépare des autres espèces européennes et se révèle plus proche des taxons américains. La morphométrie géométrique de contour met en évidence la variabilité saisonnière chez les Lygus souvent énoncée dans la littérature mais jamais démontrée jusqu’à ce jour mais ne permet pas, non plus, de distinguer les espèces. L’apport du RADseq renforce l’idée que plusieurs espèces devraient être mises en synonymie. Cette démarche de taxinomie intégrative avec l’utilisation combinée de techniques de biologie moléculaire, de caractères morphologiques et de morphométrie géométrique permet de conclure sur deux synonymies d’espèces dans le genre Lygus et donner des pistes de recherche d’identification pour explorer les complexes d’espèces présents dans le genre Eurydema.
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)