Quelle méthode analytique WGS choisir en vue de l’investigation d’évènements sanitaires?
Abstract
Salmonella et Listeria monocytogenes sont deux pathogènes majeurs de l’industrie agro-alimentaire, situés dans le top cinq des bactéries responsables de zoonoses d’après le rapport de l’EFSA/ECDC (2018). Dans le cadre de ses mandats de référence Français et Européens, l’unité SEL de l’Anses est amenée à répondre aux cas d’investigations sanitaires liés à ces deux pathogènes. Initialement menées grâces aux techniques de typage bactérien conventionnelles (PCR, MLVA, PFGE), ces investigations ont pris le virage vers la génomique. Les analyses réalisées sont aujourd’hui menées grâce au Whole Genome Sequencing (WGS), permettant d’obtenir des résultats à fort pouvoir discriminant. Les étapes dites de « wet-lab » allant de l’extraction d’ADN de qualité génomique au séquençage sont d’ores et déjà maitrisées par le laboratoire, bien que quelques ajustements aient été apporté. À travers ce projet, j’ai cherché à comparer les outils bio-informatiques à notre disposition. À l’aide de comparaison d’arbres phylogénétiques, d’analyses statistiques, d’analyses des matrices de distance j’ai pu prendre en compte les spécificités de chaque outil et de comparer les résultats obtenus. Les analyses réalisées en cgMLST et en SNP calling ont permis de mettre en évidence des clusterings comparables, quelques soit l’outil utilisé. Toutefois, les analyses de SNP calling permettent une analyse plus discriminante pouvant permettre d’apporter une réponse plus précise dans le cadre de crise sanitaire majeure. La revue des outils disponibles au laboratoire m’a également permis de tester les outils permettant la recherche de gènes de résistance, virulence et de persistance. Ces analyses permettent de compléter les analyses de source attribution dans le cadre d’alerte, afin de mieux comprendre les raisons de l’apparition de clones émergents.
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