Microbiote intestinal et obésité : Identification d'une signature de la dysbiose chez le sujet obèse morbide par la technologie Oxford Nanopore.

Rohia Alili (1, 2)

1 ICAN - Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases
2 EPHE - École Pratique des Hautes Études

L’Homme vit en symbiose avec une importante population microbienne qui colonise son tractus digestif et qui constitue son microbiote. La perturbation de ce mécanisme de symbiose induit une altération qualitative et fonctionnelle du microbiote intestinal provoquant ainsi une dysbiose qui pourrait expliquer certaines maladies auto-immunes ou inflammatoires telle que l’obésité. Chez l’Homme, plusieurs études ont été menées et ont démontrées que le microbiote intestinal pourrait relier les modifications des modes alimentaires aux altérations du métabolisme, du stockage énergétique et de l’inflammation chronique systémique et tissulaire caractérisant l’obésité. On a constaté par la suite, que pour une partie des sujets obèses, la diversité bactérienne était réduite, une diminution qui a été associée à des dysfonctionnements métaboliques plus marqués comparativement à des sujets obèses dont la diversité bactérienne est préservée. Au cours de la chirurgie, la dysbiose s’améliore mais n’est pas corrigée. Notre étude vise à caractériser par une nouvelle méthode (la technologie Nanopore), les anomalies du microbiote intestinal chez des patients à différents stade d’obésité et lors d’interventions visant à perdre du poids. Ce développement technologique permettrait dans le futur d’établir des moyens diagnostics de la dysbiose chez ces patients sévèrement obèses et plus généralement dans d’autres pathologies chroniques. Afin de pouvoir explorer le microbiote intestinal humain et pouvoir stratifier nos patients obèses en fonction de leur diversité bactérienne intestinale, j’ai développé au sein du laboratoire Nutriomique/Centre de Recherche en Nutrition Humaine Ile de France, une technologie de séquençage basée sur l’utilisation de l’outil MinION d’Oxford Nanopore. Pour cela j’ai mis au point un procédé de recueil des selles humaines qui permet de stabiliser l’ADN bactérien à température ambiante, une technique d’extraction de cet ADN et un protocole de séquençage qui permettent d’apporter une réponse quant au statut microbien du microbiote chez nos patients. J’ai réalisé une première validation de cette technologie par comparaison avec une autre technologie, le séquençage « SOLID », sur une même cohorte. J’ai pu obtenir la même stratification des patients en fonction de leurs diversité microbienne intestinale.

Mots clés: Obésité – Dysbiose - Diversité bactérienne - Séquençage – Oxford Nanopore.

Domaines: Alimentation et Nutrition; Médecine humaine et pathologie

Rohia Alili. Microbiote intestinal et obésité : Identification d'une signature de la dysbiose chez le sujet obèse morbide par la technologie Oxford Nanopore.. Alimentation et Nutrition. 2018. ⟨hal-02050935⟩