Développement d'un outil de PCR multiplex en temps réel pour la recherche de pathogènes alimentaires bactériens lors d'investigations de foyers de Toxi-Infection Alimentaire (Collective) (TIA(C))

Audrey Malet (1)

1 EPHE - École Pratique des Hautes Études

Les Toxi-infections Alimentaires (Collectives) TIA(C) sont des maladies à déclaration obligatoire. Elles surviennent essentiellement lorsque les mesures d’hygiènes ou de températures ne sont pas suffisamment maitrisées, entraînant la contamination des denrées alimentaires par de multiples micro-organismes pathogènes, et notamment les bactéries. Leur signalement déclenche la réalisation d’une enquête épidémiologique destinée à identifier les aliments responsables, les facteurs favorisants leur contamination, et de prendre des mesures rapides afin d’éviter la survenue de nouveaux cas de contamination. Au cours de cette enquête, des échantillons (plats témoins, restes…) sont acheminés vers les laboratoires d’analyse pour effectuer la recherche et/ou le dénombrement des pathogènes alimentaires, et en particulier les bactéries dans le cadre des activités du laboratoire central des services vétérinaires (LCSV). De nombreuses méthodes d’analyses normalisées, et/ou alternatives validées existent à ce jour en bactériologie conventionnelle mais aussi en biologie moléculaire, permettant de mettre en évidence la présence de pathogènes alimentaires bactériens. Les délais d’analyse en bactériologie conventionnelle peuvent être parfois longs et coûteux et ne ciblent qu’un micro-organisme à la fois. Les techniques de biologie moléculaires aboutissent à un résultat plus rapide mais ne ciblent qu’un, voire deux pathogènes également. Dans ce contexte, nous avons tenté dans cette étude, de développer un outil de PCR en temps réel, permettant de détecter simultanément les trois pathogènes principaux isolés lors d’investigation de TIAC en Ile de France. Nous avons déterminé une cible génétique spécifique pour chaque bactérie ou groupe de bactéries à détecter. Des couples d’amorces et sondes ont été dessinés ou sélectionnés à partir de la littérature puis testés sur souches pures. Ceux-ci sont satisfaisant en terme de spécificité et efficacité en simplex et les premiers essais de multiplexage sur souches pures sont encourageant, ayant mis en évidence une bonne détection de chaque cible. Sur matrice alimentaire, les essais en simplex, comme les essais en multiplex, donnent des résultats cohérents quant aux niveaux de contamination et à la limite de détection estimée. Cependant, la méthode n’est pas totalement développée à l’heure d’aujourd’hui. Des ajustements sont à réaliser pour optimiser l’étape d’extraction dans un premier temps, puis la PCR. Des essais complémentaires seront ensuite nécessaire pour la validation complète de la méthode.

Mots clés: PCR temps réel; Multiplex; Détection; Pathogènes; Bactéries; TIAC; Aliments

Domaines: Biologie moléculaire

Audrey Malet. Développement d'un outil de PCR multiplex en temps réel pour la recherche de pathogènes alimentaires bactériens lors d'investigations de foyers de Toxi-Infection Alimentaire (Collective) (TIA(C)). Biologie moléculaire. 2018. ⟨hal-01997835⟩