Analyse de la variabilité génétique des virus influenza aviaires par séquençage à très haut débit.

Guillaume Croville (1, 2)

1 EPHE - École Pratique des Hautes Études
2 IHAP - Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse]

Les virus influenza A sont des virus à ARN segmenté et présentent une importante variabilité génétique. Les virus influenza aviaires (VIA) peuvent être transmis depuis leur réservoir (les oiseaux aquatiques sauvages) vers les volailles domestiques ou les mammifères chez qui ils peuvent causer des épizooties avec un fort potentiel de pertes économiques et une menace pour la santé humaine. Le suivi virologique des VIA lors d’épisodes infectieux est primordial pour la détection précoce de modifications génétiques. Le développement de nouvelles générations de séquençage (NGS) permet d’effectuer un suivi de l’évolution génétique virale de façon pratique et accessible. Ce document décrit l’application du pyroséquençage 454 de Roche (i) à l’analyse de l’adaptation d’un VIA de sous-type H6N1 d’un élevage de canards vers un élevage de dindes lors d’un épisode infectieux de terrain et (ii) au suivi de l’adaptation d’un VIA de sous-type H1N1 à des cellules porcines. Dans le contexte de l’évolution du VIA de sous-type H6N1, une troncation du gène de la neuraminidase (NA) a été mise en évidence par pyroséquençage dans moins de 2 % des échantillons de canards alors qu’elle était présente dans 100 % des échantillons de dindes. Cela suggère que la délétion de la NA permet l’adaptation des VIA aux volailles et peut émerger suite à une modification de la pression de sélection. Lors du suivi de l’adaptation d’un VIA de sous-type H1N1 à des cellules de trachée de porcelet, les génomes complets des virus parental et adapté ont été analysés par pyroséquençage. La couverture et la profondeur de séquençage ont permis la caractérisation de populations virales minoritaires dans l’échantillon parental qui ont émergé après l’adaptation de l’échantillon viral sur cellules porcines. Ces deux études démontrent à quel point le séquençage à très haut débit met en évidence les fortes capacités d’évolution des VIA qui leur permettent de s’adapter à de nouvelles niches environnementales.

Mots clés: virus influenza; pyroséquençage; aviaire; évolution génétique; adaptation; émergence

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]

Guillaume Croville. Analyse de la variabilité génétique des virus influenza aviaires par séquençage à très haut débit.. Sciences du Vivant [q-bio]. 2013. ⟨hal-01502556⟩