Construction des réseaux d’interactions extracellulaires : les réseaux de l’endostatine

Résumé : Des réseaux d’interactions ont été établis à grande échelle dans des organismes modèles et des micro-organismes afin d’étudier leur comportement global. Dans la majorité des cas, les méthodes mises en oeuvre détectent les interactions impliquant des protéines intracellulaires ou membranaires. La matrice extracellulaire possède une architecture impliquant des protéines et des glycosaminoglycanes qui jouent un rôle important dans son organisation structurale et fonctionnelle. L’équipe a mis au point des outils pour étudier les interactions protéine-protéine et protéine- glycosaminoglycane, notamment des puces à protéines et glycosaminoglycanes ainsi qu’une base de données (MatrixDB : http://matrixdb.ibcp.fr) permettant de stocker les interactions établies par les molécules extracellulaires et de construire des interactomes (Chautard et al., 2009 et 2011). L’endostatine, sur laquelle a porté l’essentiel de ce travail, est le fragment Cterminal du collagène XVIII. Cette matricryptine exprimée par les neurones a été mise en évidence dans les dépôts amyloïdes de patients atteints de la maladie d’Alzheimer (Deininger et al., 2002). Nous avons montré qu’elle interagit avec plusieurs protéines extracellulaires impliquées dans des pathologies neurodégénératives comme la transglutaminase-2, le collagène VI et le peptide b-amyloïde (Faye et al., 2009a). Nous avons recherché au cours de ce travail à identifier des partenaires de l’endostatine exprimés dans le cerveau tels que les collagènes transmembranaires XIII, XVII, XXIII, XXV, les collagènes VI et VIII, les neuropilines 1 et 2 ainsi que la lysyl oxydase. Nous avons construit les vecteurs d’expression de ces protéines (à l’exception de celui du collagène XVII) et/ou de certains de leurs domaines. Ces protéines ont ensuite été exprimées en système eucaryote puis purifiées par chromatographie d’affinité et par filtration sur gel dans certains cas. Ces protéines ainsi que d’autres protéines et glycosaminoglycanes commercialement disponibles ont été déposés sur des puces d’or utilisées pour identifier les interactions par résonance plasmonique de surface en mode imagerie (SPRi). Nous avons identifié plus d’une centaine d’interactions établies par l’endostatine et certains de ses partenaires qui contribueront à augmenter la taille de l’interactome extracellulaire. Le but ultime de notre travail est en effet d’établir l’interactome quantitatif (comprenant des données cinétiques et d’affinité) de la matrice extracellulaire. Nous nous sommes focalisés sur les partenaires communs à l’endostatine et au collagène XVII et nous étudions actuellement la fonction de ces interactions au niveau cutané, dans la jonction dermo-épidermique, dans les interactions hôtepathogènes établies au niveau du derme lors des stades précoces de l’infection par des pathogènes tels que les Leishmania. La mise en évidence d’interactions supplémentaires de l’endostatine avec des protéines exprimées dans le cerveau, et pour certaines d’entre elles impliquées dans les pathologies neuro-dégénératives, nous ont conduit à rechercher la présence de l’endostatine dans le liquide céphalorachidien. Nous avons détecté l’endostatine dans le liquide céphalo-rachidien et observé une augmentation du rapport endostatine/peptide amyloïde-b (67%, p<0,05) et une diminution du rapport endostatine/protéine tau (68%, p<0,01) chez les patients atteints de la maladie d’Alzheimer par rapport aux contrôles. Ces rapports pourraient constituer des marqueurs de diagnostic intéressants de cette maladie neuro-dégénérative.
Type de document :
Mémoire de diplôme
Biologie cellulaire. 2011
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https://hal-ephe.archives-ouvertes.fr/hal-01482303
Contributeur : Samuel Haroutunian <>
Soumis le : vendredi 3 mars 2017 - 14:44:50
Dernière modification le : jeudi 8 février 2018 - 11:10:17
Document(s) archivé(s) le : mardi 6 juin 2017 - 12:38:34

Identifiants

  • HAL Id : hal-01482303, version 1

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Romain Salza. Construction des réseaux d’interactions extracellulaires : les réseaux de l’endostatine. Biologie cellulaire. 2011. 〈hal-01482303〉

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