Étude de petits ARNs chez une bactérie : Helicobacter pylori

Résumé : Helicobacter pylori (H. pylori) est une bactérie Gram-négative colonisant durablement l’estomac d’une personne sur deux à travers le monde. Sa présence est associée avec la plupart des ulcères et cancers gastriques. Bien que les facteurs protéiques impliqués dans la virulence et l’adaptation de la bactérie à l’environnement gastrique ont été largement étudiés, peu d’informations sont disponibles concernant la régulation de l’expression de ses gènes. Les récentes techniques de séquençage à haut-débit ont révolutionné l’analyse des transcriptomes bactériens, et donc la compréhension de la régulation des gènes chez les procaryotes. Mon laboratoire d’accueil s’intéresse plus particulièrement à la régulation par les petits ARNs non codant (sARNnc). Chez H. pylori, l’analyse du transcriptome de la souche 26695 a révélé une centaine de sARNnc et l’expression de soixante d’entre eux a été confirmée par Northern Blot. Mon travail s’est inscrit dans l’analyse de ces différents sARNs c’est à dire dans la compréhension du rôle de ces ARNs dans les mécanismes de régulation de la traduction ainsi que dans la physiologie ou la pathogénicité d’H. pylori. Pour cela mon étude s’est portée sur un petit ARN très abondant, le HPnc5490 et d’une famille de sARN nommés IsoA. Des études préliminaires ont montré que le HPnc5490 pourrait être impliqué dans la régulation de la traduction de la protéine TlpB par un mécanisme « trans » antisens. La protéine TlpB étant un récepteur membranaire impliqué dans le pH-tactisme de la bactérie, le sARN HPnc5490 serait lui aussi impliqué dans ce processus physiologique via la régulation de TlpB. Les résultats obtenus lors de cette étude confirment cette hypothèse. Par ailleurs, la famille des IsoA compte 6 membres homologues dans la souche 26695. Ils régulent de manière « cis » antisens la traduction de petits peptides de 30 acides aminés codés par des ARNs messagers nommés aapA. Ce duo aapA/IsoA est très similaire aux cassettes toxine-antitoxine (TA) de type I décrites dans la littérature. Une partie de notre étude a permis de confirmer l’appartenance de ces cassettes aux TA de type I. Une autre partie de notre travail, une étude bioinformatique, nous a permis de montrer la grande conservation de ces cassettes au sein de nombreuses souches d’H. pylori. Une dernière partie nous a permis de monter l’implication de la RNase III dans la maturation des ARNs d’H. pylori. Ce travail a donc permis d’apporter de nouvelles données dans la compréhension de la régulation de l’expression des gènes de H. pylori.
Type de document :
Mémoire de diplôme
Biochimie, Biologie Moléculaire. 2011
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Contributeur : Samuel Haroutunian <>
Soumis le : mercredi 8 février 2017 - 15:51:37
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Document(s) archivé(s) le : mardi 9 mai 2017 - 13:38:24

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Hélène Arnion. Étude de petits ARNs chez une bactérie : Helicobacter pylori. Biochimie, Biologie Moléculaire. 2011. 〈hal-01462031〉

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