Conséquences de la non prise en compte de la détectabilité des espèces dans les analyses ACP et AFC.

Résumé : Les analyses factorielles sont couramment utilisées en écologie pour analyser les données multivariées. Ces analyses fournissent des ordinations permettant de visualiser les principaux facteurs de variations au sein des données dans des graphiques en deux dimensions. Les tableaux regroupant les données d’abondances ou de présences de plusieurs espèces sur plusieurs sites peuvent être explorés à l’aide de ces analyses. Dans ces derniers cas cependant, la question des conséquences sur les résultats de ces analyses, de la non prise en compte du fait que la probabilité de détection des espèces sur le terrain est généralement inférieure à un lors de l’élaboration des tableaux de données, n’a jamais été clairement posée. Pour aborder cette question, je me suis concentré sur deux analyses factorielles classiques que sont les Analyses en Composantes Principales (ACP) et les Analyses Factorielles des Correspondances (AFC). Pour chacune des analyses, j’ai comparé les résultats obtenus à partir d’un tableau d’abondances simulé avec une probabilité de détection égale à un, avec ceux obtenus à partir du même tableau simulé cette fois avec des probabilités de détection inférieures à un. Je me suis limité aux cas où la probabilité de détection s’organisait selon un gradient, plus ou moins complexe, entre sites et entre espèces. Mes simulations montrent que les résultats des analyses sont dégradés par la non prise en compte de la probabilité de détection. Ces dégradations sont multifactorielles et sont donc variées. Les ordinations proposées par les analyses peuvent être le reflet, partiel ou total, de l’hétérogénéité de la probabilité de détection entre les espèces ou/et les sites. Aussi, certains facteurs de variations entre sites et espèces existant réellement peuvent ne plus apparaître dans les résultats des analyses sur les tableaux impactés par des probabilités de détection inférieures à un. L’application de telles analyses sur des tableaux d’abondances qui ne prennent pas en compte la probabilité de détection, peut donc mener à des conclusions erronées. Ceci me conduit à recommander fortement de prendre en compte la probabilité de détection en amont de ces analyses sur des tableaux d’abondances, par exemple à travers l’utilisation de méthodes telles que le Distance sampling ou le N–mixture. Ces travaux appellent aussi au développement de méthodes spécifiques combinant l’estimation de ces probabilités de détection et l’ordination des sites et des espèces.
Type de document :
Mémoire d'étudiant
Sciences de l'environnement. 2017
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Contributeur : Lionel Bonsacquet <>
Soumis le : vendredi 7 juillet 2017 - 18:05:16
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:23:41

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Bonsacquet Lionel. Conséquences de la non prise en compte de la détectabilité des espèces dans les analyses ACP et AFC.. Sciences de l'environnement. 2017. 〈hal-01558502〉

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