Etude génétique de l’adaptation microbienne au moyen de nouvelles méthodes de séquençage

Résumé : Au cours de ces dernières années, l’évolution des micro-organismes est devenue un problème de santé publique majeur. Le changement d’espèce d’hôte (E. coli O157H7, SRAS, grippe aviaire, grippe porcine), la réémergence de maladies passées (tuberculose) et l’émergence et la propagation de la résistance aux anti-infectieux (bactéries multirésistantes aux antibiotiques) sont autant d’exemples inquiétants du potentiel adaptatif des microorganismes. Afin de comprendre leur mode d’adaptation et ses limites, il est nécessaire de développer et de caractériser au mieux la dynamique de ces adaptations et leurs bases moléculaires. Pour avancer dans ce sens, l’évolution expérimentale permet, dans un milieu contrôlé, de faire évoluer des populations bactériennes et de suivre leur adaptation au cours du temps. Grâce aux nouvelles méthodes de séquençage, il est possible de séquencer les génomes et d’identifier les bases moléculaires de ces adaptations. Ainsi au laboratoire, en collaboration avec Richard Lenski (University of Michigan), Dominique Schneider (Université Grenoble) et Claudine Médigue (CEA, Genoscope), nous analysons 6 populations d’E. coli B adaptées au laboratoire pendant 40 000 générations. Pour mieux caractériser la dynamique de l’adaptation, les outils de séquençage peuvent être détournés pour estimer des fréquences alléliques. Je me suis donc attachée à développer des outils moléculaires efficaces à grande échelle, permettant d’introduire des marqueurs génétiques au sein du chromosome. Le système d’intégration du bactériophage a ainsi été détourné pour permettre l’introduction de tag dans le génome. En suivant la fréquence par séquençage de ces tags, il est possible de déduire la valeur sélective des différents fonds génétiques dans lesquels se sont intégrés les différents tags. Cette méthode permet donc à la fois la réalisation de compétitions avec de multiples génotypes, mais aussi de suivre l’émergence de variant adaptatifs. Cependant, l’extension de méthodes de génie génétique à des échelles ne permettant pas le contrôle individuel de chaque clone s’est révélée être particulièrement laborieuse, et certaines incertitudes demeurent sur le protocole développé.
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Contributeur : Samuel Haroutunian <>
Soumis le : mardi 21 février 2017 - 15:08:53
Dernière modification le : lundi 4 décembre 2017 - 10:36:47
Document(s) archivé(s) le : lundi 22 mai 2017 - 15:44:33

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  • HAL Id : hal-01472950, version 1

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Cécile Gateau. Etude génétique de l’adaptation microbienne au moyen de nouvelles méthodes de séquençage. Biologie moléculaire. 2012. 〈hal-01472950〉

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