Etablissement d’une approche de déconvolution de cibles pour des composés leishmanicides Ecole Pratique des Hautes Etudes Mémoire préparé sous la direction de Gérald Späth, Najma Rachidi et Sylvie Demignot

Résumé : Aujourd’hui, les médicaments utilisés pour traiter la leishmaniose ont de nombreux effets secondaires graves et leur utilisation est fortement compromise par l’apparition de parasites résistants. Il devient donc urgent et indispensable d’obtenir de nouveaux médicaments pour combattre efficacement la maladie. Ces dernières années, les compagnies pharmaceutiques ont réalisés des campagnes de criblages qui ont permis d’identifier des milliers de composés présentant un effet leishmanicide. Toutefois, comme leurs cibles sont inconnues, ces composés sont difficiles à optimiser, ce qui à terme pourrait entrainer des effets secondaires pour les médicaments dérivés de ces composés. Ainsi, la déconvolution de cibles, est devenue un enjeu majeur, puisqu’elle permet l’identification des cibles primaires et/ou secondaires des composés afin de comprendre leur mécanisme d’action et de favoriser leur optimisation. Nous avons réalisés une campagne de criblage qui nous a permis d’identifier une dizaine d’inhibiteurs potentiels de kinases efficaces contre le parasite. Afin de déterminer leurs cibles, j’ai développé une stratégie de déconvolution adaptée à ces inhibiteurs qui consiste dans un premier temps en un enrichissement sélectif des protéines de liaison à l’ATP de Leishmania (ATPome) par chromatographie d’affinité à l’ATP, puis dans un deuxième temps en une compétition par le composé d’intérêt. La méthode d’enrichissement a été très efficace puisqu’elle a permis d’obtenir le premier ATPome jamais réalisé chez les trypanosomatidés avec l’identification de 1177 protéines de liaisons à l’ATP potentielles, comprenant 205 protéines annotées pour la fonction de liaison à l’ATP (Gene Ontology : 0005524), dont 80 kinases et environ 80 protéines hypothétiques avec un domaine de liaison à l’ATP ou une fonction ATPase connue, mais non annotés. J’ai ensuite optimisé l’étape de compétition et établi la preuve de concept en utilisant un couple inhibiteur-kinase connu. Finalement, en combinant cette méthode avec la 2D-DiGE, j’ai établi une méthode rapide, visuelle et semi-quantitative qui me permet de déterminer si les inhibiteurs sont à large spectre ou spécifiques ; seuls ces derniers seront optimisés. Cette méthode permet donc de déterminer visuellement l’efficacité et la spécificité des composés compétitifs de l’ATP. En utilisant cette approche, sur les dix composés initialement obtenus par criblage, j’ai pu en sélectionner deux qui soient spécifiques. Pour ces deux composés, les cibles seront identifiées par spectrométrie de masse. Sciences de la Vie et de la Terre Etablissement d'une approche de déconvolution de cibles pour des composés leishmanicides Olivier LECLERCQ 8 décembre 2016 Soutenu devant le jury suivant : Flore RENAUD, présidente Gerald SPÄTH, tuteur scientifique Najma RACHIDI, co-tutrice scientifique Sylvie DEMIGNOT, tutrice pédagogique Sébastien POMEL, rapporteur Christian MITRI, examinateur
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Contributeur : Olivier Leclercq <>
Soumis le : mercredi 15 février 2017 - 11:02:08
Dernière modification le : vendredi 17 mars 2017 - 17:14:35
Document(s) archivé(s) le : mardi 16 mai 2017 - 13:22:04

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Olivier Leclercq. Etablissement d’une approche de déconvolution de cibles pour des composés leishmanicides Ecole Pratique des Hautes Etudes Mémoire préparé sous la direction de Gérald Späth, Najma Rachidi et Sylvie Demignot. Biochimie [q-bio.BM]. 2016. 〈hal-01468100〉

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