Criblage de mutations par courbe de fusion en haute résolution (HRM) – Application en Oncologie : précision et performance de la technique par comparaison avec les méthodes classiques de séquençage en vue de son accréditation COFRAC
Résumé
La fréquence et l’agressivité des cancers du poumon et des cancers colorectaux (CCR) dévoilent actuellement un vrai problème de santé publique. Les thérapeutiques traditionnelles, chimiothérapie et radiothérapie, sont peu efficaces voire inefficaces (surtout pour le cancer du poumon), ce qui a nécessité la recherche de nouvelles thérapeutiques. La découverte d’altérations génétiques dans cette population résistante aux traitements traditionnelles a permis de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques : les thérapies ciblées et d’identifier de nouvelles cibles potentielles.
Les traitements par thérapies ciblées requièrent la connaissance des modifications génétiques des fonctions protéiniques et enzymatiques des cibles (REGF…) et des protéines en aval (KRAS, BRAF…). Ces mutations sont des indications ou des limites aux thérapeutiques ciblées. Leur recherche est devenue une nécessité (exigence des AMM), engendrant une demande de mise au point de techniques performantes, rapides et peu coûteuses de la part des cliniciens.
Pour répondre à cette demande, j’ai mis au point une technique de PCR HRM (PCR de fusion haute résolution) sur les gènes REGF (exons 18 à 21), KRAS (exon 2) et BRAF (exon 15) pour les cancers du poumon et les CCR. La méthode PCR HRM a été validée par comparaison avec la méthode standard du séquençage Sanger sur une population d’environ 250 échantillons par gène, permettant de mettre en évidence une haute spécificité et une bonne sensibilité de la méthode et de l’utiliser comme méthode de criblage.
Le criblage consiste à séquencer, après la PCR HRM, uniquement les prélèvements ayant un profil anormal ou douteux et de valider les profils normaux comme non mutés. Cette méthode permet un double contrôle pour les profils anormaux et la détection de mutations connues et non répertoriées, potentiellement activatrices ou inhibitrices du traitement.
Cette mise au point nous a permis de participer à des essais comparatifs nationaux, dans le cadre de contrôles de qualité ou de STIC (Soutien aux techniques innovantes et coûteuses) et d’obtenir une accréditation COFRAC.
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